我们命名 自然系统 到那个 作为自然属性出现的一组相关元素.
与自然相关的元素集
从双方提出的观点来看 本质主义 （坚持存在源于本质的哲学学说）和 唯名论 （肯定存在的一切都是特殊的哲学潮流）， 分类 （在由分类群等级控制的系统中组织生物体的科学），可以被视为真正的自然系统。
虽然唯名论坚持认为，生物的分类在表现出在自然界中观察到的相似性模式时是自然的，本质主义则与之相矛盾，它说分类在揭示真实的自然群体时是自然的，而不仅仅是相似性的巧合。也就是说，唯名论将自然性与否归因于思考它的人的感知而不是自然本身，这是与本质主义相对立的主要区别。
分类：共同祖先
随着 进化论 以及他随后的胜利，分类的自然性是基于 共同祖先 因此，通过这种方式，自然系统被转化为系统发育树。
系统发育树是一棵树，它展示了被认为具有共同祖先的不同物种或其他实体之间的进化联系。
该树还用于确定实现给定单元格所需的最小划分次数。例如，从这一点可以研究整个过程中发生的突变。
这些树的组成考虑了所有生物都来自一个共同祖先的证据所支持的生物进化。通过这种方式，可以验证所有生物，无论是活的还是死的，都在某种程度上是相关的。
在准备过程中，使用的信息来自化石，而不是来自人的信息，就像家谱中的情况一样。并且还使用了分子和解剖学比较。
这些树中的关系是物种之间的关系，而不是人与人之间的关系。
另一面：人工系统
因此，与自然系统相反的对立面将是人工系统，在这种系统中，这种系统的组成部分的成员资格将取决于在约定之后采用的人工标准。
人工分类系统被称为元素的相关组织，其中每个组件到不同类别的成员资格将取决于按惯例和任意做出的决定。
这种系统最具代表性的例子之一是对花卉进行分类的方式。
毫无疑问，最受欢迎的人工系统是 Systema Naturae，这是瑞典博物学家 Carlos Linnaeus 于 1735 年出版的作品。
在这项相关工作中，根据某些标准确定和分离了 23 类开花植物，例如：所讨论的花的性别、数量、雄蕊（雄花性器官）的长度等。
还有一个24类，把没有花的植物归为一类，包括藻类、苔藓、蕨类植物、真菌等，还有那些有珊瑚等稀有花卉的植物。
在植物界的分类中，林奈在性事务上遵循一个倾斜的系统，即将雄性性器官数量相同的物种归入同一类群。
